Les lieutenants d'Arlong sont tombés, Luffy est libre. Le combat final contre Arlong commence enfin sérieusement. Après une série d'attaques aérienne, les deux pirates se retrouvent dans la chambre de Nami où Luffy comprend une partie du passé de la jeune fille. Fou de colère, il se déchaine.
Longtown, peu après la tentative d'assassinat de Luffy par Arbyda etBaggy, un homme étrange entre en ville. Tandis que la tempête se déchaine et que la bataille au centre de la ville fait rage, Luffy, Zoro et Sanji profitent de l'intervention des militaires pour s'éclipser, mais ils sont vite rattrapés pas le colonel Smoker.
Luffy et son équipage sont enfin arrivés à Grand Line, mais à peine remis de leur joie et de leurs surprises sont-ils mêlés aux activités d'un groupe de chasseurs de primes : Baroque Works.
Tandis que Zoro les combat, le reste de l'équipage dort, et deux mystérieuses personnes arrivent sur l'île. Il s'agit de Mr. 5 et Miss Valentine chargés d'éliminer une certaine Nefertari Vivi.
Après s'être échappé de Whiskey Peak, Luffy et son équipage décide d'aider Vivi a regagner son royaume : Alabasta. En chemin, ils doivent s'arrête sur l'île préhistorique de Little Garden où ils rencontrent deux géants : Dorry et Brogy. Peu de temps après, ils sont attaqué par un mystérieux Mr. 3 accompagné de Miss Valentine et Mr. 5. Leur cible : Vivi.
Nami, Vivi et Zoro sont sauvé tout comme les géants. Mr. 3 et ses acolytes sont vaincus. Mais au moment où l'équipage reprend enfin la mer, Nami tombe gravement malade, et chercher un médecin devient la priorité de tous.
Après avoir sauvé Sanji, Gyn est mal en point. Les moqueries de Creek à son encontre énervent Luffy qui décident d'en finir avec le pirate au redoutable arsenal.
De son côté, Nami à rejoint Arlong, un redoutable homme-poisson vivant sur une petite île non loin du Baratie. Elle est en fait membre de son équipage.
Alors que Sanji accepte enfin de rejoindre l'équipage, Pipo, Yosaku,Johnny et Zoro arrivent prêt de l'île d'Arlong. Repéré par un homme-poisson, tous s'échappent à l'exception de Zoro qui est capturé.
Usopp trouve refuge dans un village où il rencontre Nojiko qui lui explique la dure réalité de l'île.
Après avoir battu Baggy, Luffy et Zoro sont rejoint par Nami. Ils finissent par accoster sur une île où il rencontre Pipo, un jeune garçon qui se prétend capitaine pirate, mais qui ne fait que raconter de gros mensonges. Pipo passe beaucoup de temps auprès de Kaya, la petite bourgeoise malade du village et fini par se rendre compte que le majordome de celle-ci, Krapador, est en réalité un capitaine pirate qui veut la voler puis la tuer. Pipo demande de l'aide alors de l'aide à Luffy.
Krapador est en réalité le redoutable capitaine Crow, un des pirates les plus dangereux d'East Blue. Son lieutenant, Jango est à la poursuite de Kaya tandis que Luffy, Zoro et Usopp combattent sur la plage pour empêcher l'équipage d'atteindre et de décimer le village.
Après la défaite de Krapador et de son équipage, Usopp décide de rejoindre l'équipage. Pour les remercier de l'avoir sauver, Kaya leur offre une caravelle baptisé Vogue Merry.
L'équipage comptant 4 membre et ayant un bateau digne de ce nom, Luffy se met en tête de trouver un cuisinier, l'équipage rejoint donc le restaurant flottant Baratie où ils rencontrent Sanji.
Mais à peine sont-ils arrivés que le restaurant est abordé par un des navires de la redoutable flotte du capitaine Creek, tandis que Nami disparait avec le Vogue Merry.